Va estudiar al Conservatori de Palma de Mallorca i va ampliar la seva formació als cursos d'estiu de Darmstadt i amb Iannis Xenakis, entre altres. Va ser director musical del Big Ensemble del Taller de Músics i director de l'Orquestra del Caos. Membre fundador amb Joan Saura i Liba Villavecchia de la Improvisers of Barcelona Association (IBA), de la qual va ser director fins al 2001. Actualment és professor titular d'improvisació de l'Escola Superior de Música de Catalunya i director del Festival Músiques Contemporànies de Barcelona i del cicle «Nits de Música» de la Fundació Miró.
El 1985 va aparèixer el seu primer disc Ardent, de piano solo, que marca l'inici de la seva carrera com a improvisador lliure. Des de 1992 ha editat dotze CD. Ha col·laborat amb artistes internacionals com Tom Cora, Evan Parker, Butch Morris, Peter Kowald, Marilyn Crispell, entre altres. A més dels seus concerts en solitari com a improvisador, manté diversos projectes estables: Trio Local, el quartet de jazz Agustí Fernández Quartet, duo amb la flautista americana Jane Rigier, etc. Ha estat guardonat amb el premi Altaveu 2000.
